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Text File  |  1995-03-04  |  2.8 KB  |  62 lines
  1. ************************
  2. * TNF family signature *
  3. ************************
  4.  
  5. The following  cytokines  can  be  grouped  into  a  family  on  the  basis of
  6. sequence, functional, and structural similarities [1,2,3]:
  7.  
  8.  - Tumor Necrosis  Factor (TNF)  (also  known as cachectin or TNF-alpha) [4,5]
  9.    is a cytokine which has a wide variety of functions. It can cause cytolysis
  10.    of certain  tumor  cell lines; it is involved in the induction of cachexia;
  11.    it is a potent pyrogen, causing fever by direct action or by stimulation of
  12.    interleukin-1 secretion;    finally, it  can  stimulate  cell proliferation
  13.    and induce  cell  differentiation  under  certain conditions.
  14.  - Lymphotoxin-alpha  (LT-alpha)  and  lymphotoxin-beta (LT-beta), two related
  15.    cytokines produced by lymphocytes and which are cytotoxic for a wide  range
  16.    of tumor cells in vitro and in vivo [6].
  17.  - T cell antigen gp39 (CD40L), a cytokine which  seems to be important in  B-
  18.    cell development and activation.
  19.  - CD27L,  a  cytokine which plays a role in T-cell activation. It induces the
  20.    proliferation of  costimulated  T cells  and  enhances  the  generation  of
  21.    cytolytic T cells.
  22.  - CD30L, a cytokine which induces proliferation of T cells.
  23.  - FASL, a cytokine involved in cell death [7].
  24.  - 4-1BB-L,  a  inducible  T  cell surface molecule that contributes to T-cell
  25.    stimulation.
  26.  
  27. TNF-alpha is  synthesized  as  a type II membrane protein which then undergoes
  28. post-translational cleavage liberating the extracellular domain. CD27L, CD30L,
  29. CD40L, FASL, LT-beta and  4-1BBL  also appear to be type II membrane proteins.
  30. LT-alpha is a secreted protein. All these cytokines  seem to form homotrimeric
  31. (or heterotrimeric in the case of LT-alpha/beta) complexes that are recognized
  32. by their specific receptors.
  33.  
  34. As a    signature   for  this  family  of  proteins, we have selected the most
  35. conserved region.    This  region  is  located in a beta-strand in the central
  36. section of these proteins
  37.  
  38. -Consensus pattern: L-x-[LIVM]-x(3)-G-[LIVM]-Y-[LIVMFY](2)-x(2)-[QEKL]-[LIVM]
  39. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  40. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  41.  
  42. -Expert(s) to contact by email: Jongeneel C.V.
  43.                              vjongene@isrecmail.unil.ch
  44.  
  45. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  46.  
  47. [ 1] Peitsch M.C., Jongeneel C.V.
  48.      Int. Immunol. 5:233-238(1993).
  49. [ 2] Farrah T., Smith C.A.
  50.      Nature 358:26-26(1992).
  51. [ 3] Banzan J.F.
  52.      Curr. Biol. 3:603-606(1993).
  53. [ 4] Beutler B., Cerami A.
  54.      Biochemistry 27:7575-7582(1988).
  55. [ 5] Vilcek J., Lee T.H.
  56.      J. Biol. Chem. 266:7313-7316(1991).
  57. [ 6] Browning J.L., Ngam-Ek A., Lawton P., Demarinis J., Tizard R.,
  58.      Chow E.P., Hession C., O'Brine-Greco B., Foley S.F., Ware C.F.
  59.      Cell 72:847-856(1993).
  60. [ 7] Suda T., Takahashi T., Golstein P., Nagata S.
  61.      Cell 75:1169-1178(1993).
  62.